Detta “dei Frati” perché apparteneva, con l’annesso convento, ai Padri Minori Osservanti. Nel 1797 le autorità francesi decretano la soppressione degli ordini religiosi, e i frati devono abbandonare chiesa e convento. Verso la fine della prima guerra mondiale, è temporaneamente occupata da truppe militari. Oggi è la chiesa parrocchiale.

Un mattone sulla facciata reca inciso l’anno di fondazione, il 1489, anche se probabilmente risale alla seconda metà del secolo XIII. Venne intitolata ai Santi Fabiano e Sebastiano, ai quali era stato attribuito il potere di debellare i contagi.

L’interno, a navata unica, si presenta sobrio, austero. Un tempo le pareti dovevano essere interamente decorate da affreschi votivi quattrocenteschi, di cui sono visibili tracce in alcuni punti.

Le tre cappelle sul lato destro, pantheon delle famiglie più importanti di San Martino, vengono fatte costruire nel ‘500. La prima, entrando, è della nobile famiglia Furga Gornini. La seconda cappella è quella di Santa Croce, mausoleo dei Gonzaga signori di San Martino. Sul fondo, la pala di Sant’Elena e il rinvenimento della Croce di Lorenzo Costa il Giovane. La terza cappella è dei nobili Vimercati (cappella del SS. Rosario) nella quale spiccano ben undici tele di Jacopo Borbone.

La chiesa ospita i dipinti che erano esposti nella chiesa Castello, tra i quali l’Annunciazione del Genovesino (Luigi Miradori).